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新生儿出生时，肠道是无菌的。但在出生后不久，外界的就逐渐进入体内，有的和肠道有一定的亲和力，通过黏附和定植，成为了常驻菌，有的没有亲和力，不能黏附和定植，这些菌就成为了过路菌。
健康的肠道菌群定植对于早期免疫的形成以及肠道屏障功能的建立具有重要作用，有助于保护人体抵御和过敏的威胁。益生菌终发挥作用的地方在消化道的下端，即小肠中下段和大肠内，因此益生菌能否对抗消化道的各种消化液到达目的地--肠壁上，取决于生产工艺及它们的“黏附”和“定植”能力。
益生菌在肠道内的生理过程 ：
步是“黏附”: 黏附是指与宿主肠上皮细胞结合的过程，其特征：首先是宿主的特异性，来自人体的不一定能在动物体内定植，同样来自动物的也不一定能在人体定植;其次是菌株的特异性，同一种属的有的菌株可以黏附定植，有的则不可以;另外，还需有足够的量，黏附有群体效应，只有达到一定的量，黏附才能牢固。黏附可避免益生菌被胃酸、胆汁等胃肠道分泌的液体和肠道的蠕动所，而“定居”下来的菌由于“先来先占”减少了其他有害菌的“定居”的可能性。同时由于大量“好菌”的存在，形成了“生物屏障”作用而防止“坏菌”接近肠道的上皮细胞。
第二步是“定植”: 定植是益生菌生长发育的前提，是在黏附下发生的一种生理功能。在定植后才可以在黏附膜表面形成微生物膜，防止外籍菌入侵，保护肠粘膜的健康。通常从体内分离的益生菌如嗜酸乳杆菌、双歧杆菌等均具有较强的黏附、定植和适应消化道环境的能力。
黏附和定植是一个动态过程，即使对于有粘附和定植能力的菌来说，有其他菌定植在先的话，后来的就挤不进去了，如果服用或其他原因，已经定植的菌也会逐渐减少或丢失，有害菌及部分条件致病菌就有可趁之机。
人体不能自制益生菌，必须从饮食中补充，而且必须活着到达肠道，否则其效果将大打折扣。
一、双歧杆菌：双歧杆菌主要定植于肠道下端，生长需要弱酸性环境，48小时就能进入生长稳定期。其特有的果糖-6-磷酸解酮酶将葡萄糖分解为醋酸和乳酸，降低肠道的pH值，抑制外籍菌的生长、繁殖。研究表明双歧杆菌产生的短链脂肪酸如乙酸、丙酸具活性，对假单胞菌属、金葡菌有作用。从而抑制了肠道中有害菌和致病菌的生长。而且双歧杆菌属于专性，在厌氧条件下，它的生长速度超过兼性，因而在营养物质有限的情况下，专性可优势生长，而通常兼性厌氧的潜在致病菌处于劣势状态。作为肠道优势菌，它的益生功能显着，能紧密定植在肠粘膜，发挥营养肠道、阻碍有害菌定植、调节免疫、平衡菌群、修复受损肠屏障的功能。
二、乳杆菌：乳杆菌属于兼性，会消耗部分氧气，产生酸性物质，形成厌氧与弱酸性环境，24小时内即可进入生长稳定期。乳杆菌可定植于肠粘膜，阻碍有害菌定植，也可促进小肠绒毛隐窝内干、增殖，恢复受损肠道屏障。
肠道菌群对人体的代谢、消化和免疫系统的功能具有重要影响，生命早期健康肠道菌群的定植对于人体日后成长影响巨大。
