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益生菌终发挥作用的地方在消化道的下端——大肠或小肠内，而益生菌能否抵制消化道的各种消化液到达目的地，则需要它们必须有一定的黏附力使之能附在肠壁上。
新生儿出生时，肠道是无菌的。但在出生后不久，外界的就逐个进入体内，有的和肠道细胞有一定的亲和力，通过黏附和定植，成为常驻菌：有的没有亲和力，不能黏附和定植，成为过路菌。
益生菌在肠道内的生理过程：
黏附：细胞与宿主(人体)肠上皮细胞结合的过程。其特征是;
宿主(人体)的特异性：来自人体的不一定能在动物体内定植，同样来自动物的也不一定能在人体内定植。
菌种的特异性：选择可以黏附定植的菌种菌株，因为有的不可以。
需有足够的量：黏附有群体效应，只有达到定量，黏附才牢固。
黏附是定植的步，可避免益生菌被胃酸、胆汁等胃肠道分泌的液体和肠道的蠕动所，而“定居”下来的菌由于“先来先占”减少了其他有害菌“定居”的可能性。同时由于大量“好菌”的存在，形成了“生物屏障”作用而防止“坏菌”接近肠道的上皮细胞。
定植：是益生菌生长发育的前提，是在黏附下发生的一种生理功能。在定植后才可以在肠黏膜表面形成微生物膜，防止外籍菌入侵，保护肠黏膜的健康。
通常从体内分离的益生菌如嗜酸乳杆菌、双歧杄菌等均具有较强的黏附、定植和适应消化道环境的能力。
为了挑选出具有黏附和定植能力的益生菌，常常在体外肠上皮细胞(如：CaCo-2。HT-29)与待挑选的菌株共同培养，通过观察菌对细胞的黏附量来确定其黏附能力。
需要说明的是：黏附和定植是一个动态的过程，即使对于有黏附和定植能力的菌来说有其他菌定植在先的话后来的就挤不进去了，如果服用或其他原因，已经定植的菌也会减少或丢失，其他的菌就有可乘之机。
